많은 사람들이 Genome 분석을 한다고 말합니다.하지만 실제로 대화를 해보면, 상당수는 sequence를 보고 있을 뿐입니다.Sequence는 문자입니다.A, T, G, C의 나열이고, 비교적 정적인 정보입니다.반면 Genome은 구조이며, 맥락이며, 역사입니다.저는 오랫동안 Whole Genome Sequencing 데이터를 다루면서“이 변이가 있다/없다”라는 질문보다“이 변이가 왜 여기에서, 이 형태로 존재하는가”라는 질문을 더 많이 하게 되었습니다.그렇기에, Genome을 본다는 것은 단순히 변이를 찾는 것이 아니라, 그 변이가 어떤 세포 계통에서 생겼고, 어떤 시간축을 따라 축적되었으며,어떤 구조적 제약 속에서 살아남았는지를 함께 해석하는 일입니다.같은 single nucleotide varia..

지난 시간에는 평균에 대한, 그리고 경쟁 상대의 평균을 넘는 중요함을 이야기했었습니다. 경쟁 상대는 일반적으로 나보다는 잘 하는 사람이거나 비슷한 노력을 하는 사람입니다. 이런 경쟁상대를 따라가고 그 평균을 넘는 것은 왜 어려울까요?경쟁 상대는 그 사람이 나 자신보다 훨씬 더 긴 시간을 노력했고, 노력의 총합이 더 높기 때문입니다. 그렇기에 경쟁상대의 평균을 넘기 위해서는 기존의 내 노력보다 상당한 수준의 노력이 들어가야 합니다. 오늘은 이를 그래프로 살펴보면서 경쟁 상대의 평균을 넘으려면 어떻게 해야하는지 알아보겠습니다. 위의 그래프를 통해서 보면, 나의 평균은 90이고 경쟁 상대의 평균은 100입니다. 경쟁상대는 나보다 평균이 10이 높은 사람이지요.경쟁상대를 이기겠다는 마음을 먹는 시점(변화시점..

지난 시간에, 자신의 미래 평균을 10을 올리기 위해서는 10이라는 노력이 필요한 것이 아니라, 20이라는 노력이 필요하다는 것을 이야기 한 바가 있습니다.즉, 내가 정한 목표에 도달하기 위해 지금까지 해온 노력도 고려되어야 하기에 미래의 평균을 10을 올리기 위해서는 그 두 배의 노력이 필요하는 것입니다.이 부분이 평균을 올리기가 힘든 이유이고, 이것이 평균의 역설이라고 할 수 있을 것입니다.오늘은 이 평균에 관한 또 다른 관점의 이야기로 이어나가고자 합니다.이번 글의 주제는 '나보다 평균이 높은 경쟁 상대의 무서움' 다시 보자면, "나를 항상 이기는 경쟁상대"에 대한 이야기입니다.즉, "내가 목표하는 경쟁 상대가 나보다 평균 능력이 높은 사람일 때, 이 사람을 이기는 것이 얼마나 어려운 것인가"에 대..

지난 시간 우리들은 일상생활에서 가장 많이 사용하는 단어 중 하나인 "평균"에 대해서 이야기했고, 평균을 높이는 것이 얼마나 어려운지 이야기를 해왔습니다.자전거로 짧게 예를 들자면, 나의 목표가 1시간 동안, 30km/h의 평균 속도로 달리는 것을 가정할 때,30보다 낮은 웜업(warm-up)의 시간을 가지게 되면, 그 시간 이후에 우리가 달려야 하는 속도는 30km/h의 속도 이상을 달려야 원하는 목표에 다다를 수 있습니다.같은 맥락에서 웜업(warm-up)의 시간을 줄인다면, 다음 스탭(step)의 평균 속도는 줄게 될 수 있으나 그 속도를 끝까지 유지해야 하는 어려움이 있습니다. (자세한 내용은 이전 글 참고: 평균의 역설, 그 어려움에 대해 이야기하다.)이런 맥락을 살펴본다면, 나의 이전 평균을 ..

도움을 주면 다시 돕고 싶어지는 사람이 있는가 하면, 다음부터는 망설이게 되는 사람도 있습니다.대가를 바라며 도움을 준 것은 아니지만,그 이후의 태도와 반응이 관계에 영향을 미치는 것 또한 사실입니다.연구비 제안서나, 어떤 주제에 대한 논의, 고민처럼 많은 시간과 노력이 필요한 도움일수록 더욱 그렇습니다.전문가들은 결국 스스로 답에 도달하지만, 누군가의 조언 하나가 시행착오를 크게 줄여 주기도 합니다.저 역시 그러한 도움을 통해 많은 것을 배워 왔습니다.그래서 저는 가능하면 모르는 사람일지라도 처음 부탁에는 망설이지 않고 돕는 것을 원칙으로 삼아 왔습니다.동시에, 도움을 주고 난 이후에 마주하게 되는 상대의 태도와 반응이 그 사람에 대한 평가, 나아가 이후의 공동 연구나 협업 여부에 영향을 미친다는 점 ..

우리는 매일을 치열하게 살아가는 현대인입니다.현대사회를 살아가며 만연하게 퍼져있는 표현이 바로,"평균만 하자""평균정도면 괜찮은 거야""평균도 못해서 되겠어?""평균이 뭐가 어려워?"와 같은 표현입니다.때로는 쉽게도 느껴지며, 때로는 그 무엇보다도 어렵게 느껴지는 '평균', 오늘은 '평균'에 대해서 이야기를 하고자 합니다. 총 6편의 글을 생각하고 있으며, 이 편에서는 '평균의 역설, 그 어려움'이란 주제로 시작하고자 합니다.저는 자전거 타는 것을 굉장히 좋아합니다.자전거뿐만 아니라 등산, 걷기 등 운동을 통해 건강 상황을 기록하고 그에 따른 변화량을 체크하는 것을 즐깁니다. 자전거는 야외에서 탈 때는, 로드, MTB, 공유 자전거, eMTB 등을 타는데, 이 경우에는 여러 가지 외부 상황들이 복잡하게 ..

지난 시간에 이어 오늘은 유전학, 생명정보학, 발생학과 관련한 내용을 살펴보고자 합니다.4. 유전학시퀀싱을 마무리를 하게 되면 시퀀싱 과정에서 나오는 variant 또는 structural variant, 그 variant가 가지고 있는 의미라든지 우리가 모르는 유전학적인 부분에 대해서 해석을 할 수 있게 됩니다.이 과정을 통상적으로 ‘유전학’이라고 이야기를 합니다.우리의 실험을 유전학의 코어라고 이야기를 한다면, 꼭 그렇지만은 않습니다.그렇지만 많은 유전학적인 개념들이 이러한 분석 과정과 논문에 스며들어 있기 때문에사실상 유전학적인 백그라운드가 굉장히 강해야지만 깊은 수준의 논문을 읽어내고그다음 단계로 도약을 할 수가 있습니다.물론 General population을 대상으로 하는 General Gen..

발생학, 유전학, 면역학, 해부학, 조직학, 생명정보학, 세포생물학, 생화학 등.어떤 랩이든, 그 랩이 주력으로 삼고 있는 학문 분야가 있습니다.학문 분야는 어디까지나 어떠한 학문 체계를 이해하는 하나의 틀일 뿐이고,실질적으로 연구를 하는 것은 그 안에서도 훨씬 더 작은 부분을 하게 됩니다.그렇기 때문에 그 작은 부분을 연구하기 위해서 다양한 형태의 깊이 있는 학문의 수준을실험적으로나 백그라운드적으로나 여러분들이 익혀야 됩니다.가장 쉬운 예시로 로저랜드 프랭클린과 클리앤 왓슨이 진행한 DNA를 생각할 수 있습니다.이들이 ‘DNA의 구조가 더블 헬릭스 구조다’라는 것을 최초로 발견을 했다는 사실로 노벨상을 받게 되었지만, 실질적으로 이러한 DNA라는 구조를 밝히기 위해서 단순히 DNA만 공부한 것은 전혀 ..

이번에는 포닥의 입장에서 빅가이에게 컨택을 하거나,혹은 본인이 원하는 교수에게 어떻게 컨택할 수 있을지에 대해 이야기해 보겠습니다.요즘은 한국에서의 포닥 기회를 선호하는 사람들도 있고,한국에서 포닥을 한 이후에 좋은 자리를 잡는 경우도 많아지고 있습니다.그렇기 때문에 ‘무조건 해외로 포닥을 나가야 한다’ 거나 ‘해외가 정답이다’라고 단정 지을 수는 없다고 미리 말씀드리고 싶습니다.그럼에도 불구하고 해외 포닥은 본인의 시야를 넓히고, 박사과정 지도교수와의 차별성을 만들며,해외 연구자들과 네트워크를 구축한다는 측면에서 여전히 충분한 장점이 있습니다.물론 해외에 나가서 힘들어하는 분들도 많습니다.문화적·시스템적으로 본인이 예상했던 것과 달라 적응이 어려울 수 있고,프로젝트가 예상보다 길어지면서 박사과정 중에 ..

현대 생물학에서, Mouse genetics가 차지하는 위상은 대단합니다.마우스가 가진 여러 장점으로 많은 바이오 연구가 마우스로 진행되고 있고,그 결과 우리는 많은 마우스 명의(?)를 만들고 있긴 합니다.얼마 전 Cancer biologist인 Bert Volgestein 역시 이런 부분에 대해서 꼬집기도 하였죠. " 왜 마우스 cancer는 치료가 잘 되는데, 사람은 왜 안 되는 것인가? " 결국 사이즈의 문제라고 이야기하긴 했지만, 여전히 마우스는 Transgenic human(?)을 만들 수 없는 관계로 어쩔 수 없는 선택이기도 합니다.그럼, 과연 마우스 연구를 시작할 때 어떻게 하면 좋을까요?특히 Cre-LoxP 연구를 처음 시작하려면 어떻게 하면 좋을까요?Cre-LoxP 시스템을 이용하면, ..