논문작성법 (1) 어떻게 논문을 읽을 것인가?논문작성법 (1) 어떻게 논문을 읽을 것인가?

Posted at 2015. 1. 21. 13:45 | Posted in Research Tips/English for Research

모든 연구활동의 시작은 논문을 읽는 것부터 시작된다. 한 편의 논문은 자연현상에 대한 의미를 지니고 있는 하나의 완결된 이야기이다. 이 이야기는 자연현상을 발견하고, 이에 대한 가설을 설정하고, 실험/관찰 등을 통해 자연현상을 검증하며, 이에 대한 임상적, 자연과학적인 의미를 해석하여, 독자를 설득하는 것을 뜻한다. 이러한 설득을 위해서, 논문은 간결하게 쓰여져야 하며, 독자들이 도저히 잘 못 이해할 수 없도록 만들어야만 한다. 또한, 명쾌하게 작성할 경우, 저자의 생각 역시 명쾌해지게 된다. 


대부분의 논문은 제목-초록-서론-결과-결론의 구조로 이루어져 있다. 


1. 제목 Title


논문에서 제목은 두 가지 역할을 주로 하게 된다. ① 논문의 주요주제/메시지의 전달 ② 독자의 흥미를 끄는 것 


이러한 목적 아래 논문의 제목은 문장으로 구성될 수도 있고, 핵심어구로 구성될 수도 있으며, 개념적인 내용이 될 수도 있고, 구체적인 내용이 될 수도 있다. 다음의 예를 보자.


Crosstalk between neutrophils, B-1a cells and plasmacytoid dendritic cells initiates autoimmune diabetes, Nat Med 2012 19(1) 65-73


위의 제목은 호중구와 B1a 세포, 그리고 plasmacytoid dendritic cell간의 상호작용이 자가면역에 의한 당뇨를 유발한다는 주제를 전달하는 제목이다. 구체적이고, 문장으로 구성되어 있는 제목의 예이며, 위 세포들간 상호작용이 어떻게 이루어지는지에 대한 궁금증을 유발하는 좋은 제목이다. 


Netting neutrophils in autoimmune small-vessel vasculitis, Nat Med 2009 15(6) 623-625


위의 제목은 핵심어구로 구성된 제목의 예이다. 자가면역에 의한 소혈관염에서 호중구에서 Netting에 대해서 연구를 했음을 알 수 있다.


Epigenetic silencing of retinoblastoma gene regulates pathologic differentiation of myeloid cells in cancer, Nat Immunol 2013 14(3) 211-220


다른 예를 한 번 보자, 위 제목은 실험방법/주제/흥미유발을 모두 포함한 좋은 제목이다. Retinoblastoma gene을 epigenetic하게 silencing한 것이, 암에서 myeolid cell들의 pathologic한 differentiation을 조절한다는 내용이다. Myeloid cell들의 pathologic differentiation에서 retinoblastoma gene의 역할이라는 주제를 효과적으로 제시하고 있다.


Cigarette Smoke-Induced Collagen Destruction; Key to Chronic Neutrophilic Airway Inflammation? PLOS one 2013 8(1) e55612


위의 예는 좋지 않은 제목의 예이다. 흡연에 의한 collagen의 파괴가 chronic neutrophilic airway inflammation에서 역할에 대한 주제를 제시하나, 흡연이 어떻게 neutrophilic inflammation을 유도하는지에 대해 불친절하게 설명하고 있다. 또한, 의문문으로 끝나는 표현은 흡연에 의한 collagen destruction이 neutrophilic inflammation과 관련이 있는 것인지, 없는 것인지 모호하다. 실험논문의 제목을 의문형을 끝맺음하는 것은 굉장히 불친절하고 무책임한 짓이다. 


2. 초록 Abstract


초록은 그 논문의 요약본과 같다. 이는 여행지에서 목적지를 찾기 위한 지도와 같은 것으로, 초록만 읽어봐도, 그 논문의 내용을 알 수 있다. 한 편의 초록에는 질문, 질문을 검증하기 위해 수행된 실험, 질문에 대한 대답이 포함되어야 한다. 이 과정에서 질문을 도출하기 위한 배경정보에 대한 기술과 대답이 임상 혹은 과학에서 어떠한 의미를 지니는지에 대한 기술이 포함되어야 한다. 그리고, 가장 중요한 점으로 초록은 그 자체만으로도 한편의 완결된 이야기가 되어야 하며, 논리적으로 문제가 없어야 하며, 다른 무엇보다 간결해야 한다. 잘 구성된 초록은 독자들에게 논문의 줄거리에 대한 예습이 된다. 즉, 독자들이 깊은 수면에 빠지기 이전 자신의 논문의 매력포인트를 발산할 수 있는 처음이자 마지막 기회가 된다는 점을 깊이 유념해두어야 할 것이다. 



잘 구성된 초록은 이정도의 임팩트를 지닌다.


초록의 구성 

초록의 전반적인 구성은 논문의 구성과 동일하다. 

배경지식 - 문제제기 - 실험과 결과 - 문제에 대한 대답 - 질문의 과학적/임상적 의미 제시 혹은 추측


배경지식 

배경지식에서는 문제를 제기위해 현재까지 알려진 사실과 그 중 알려지지 않은 사실을 제시한다.


문제제기 

배경지식을 토대로 알려지지 않은 사실에 대한 문제를 제기하고, 이를 질문한다.


실험과 결과

제기된 문제를 해결하기 위한 디자인된 실험을 간략하게 설명하고, 그 결과를 기술한다. 요즈음에는 결과를 바로 제시하고, 실험 부분을 논문의 뒷 부분에 위치시키거나 아예 supplements로 빼버리는 경우도 많다.


문제에 대한 대답

실험결과를 토대로 제기된 문제에 대한 대답을 기술한다.


질문의 임상적/과학적 의미 제시 혹은 추측 

논문의 임상적/과학적인 중요성을 제시한다. 필요하다면, 문제에 대한 대답이 내포하고 있는 추측/추천을 기술할 수 있다.


자, 백문이 불여일견이라. 잘 구성된 초록의 예를 살펴보자.


Macrophages frequently infiltrate tumors and can enhance cancer growth, yet the origins of the macrophage response are not well understood. Here we address molecular mechanisms of macrophage production in a conditional mouse model of lung adenocarcinoma. We report that overproduction of the peptide hormone Angiotensin II (AngII) in tumor-bearing mice amplifies self-renewing hematopoietic stem cells (HSCs) and macrophage progenitors. The process occurred in the spleen but not the bone marrow, and was independent of hemodynamic changes. The effects of AngII required direct hormone ligation on HSCs, depended on S1P1 signaling, and allowed the extramedullary tissue to supply new tumor-associated macrophages throughout cancer progression. Conversely, blocking AngII production prevented cancer-induced HSC and macrophage progenitor amplification and thus restrained the macrophage response at its source. These findings indicate that AngII acts upstream of a potent macrophage amplification program and that tumors can remotely exploit the hormone’s pathway to stimulate cancer-promoting immunity.


Cortez-Retamozo, V. et al. Angiotensin II Drives the Production of Tumor-Promoting Macrophages. Immunity 38, 296–308 (2013).


이 초록을 뜯어보면 다음과 같은 구조로 이루어져 있다.


A 배경지식

Macrophages frequently infiltrate tumors and can enhance cancer growth,


B 문제제기

yet the origins of the macrophage response are not well understood.


 C 실험방법에 대한 기술 

Here we address molecular mechanisms of macrophage production in a conditional mouse model of lung adenocarcinoma 


D 결과 

We report that overproduction of the peptide hormone Angiotensin II (AngII) in tumor-bearing mice amplifies self-renewing hematopoietic stem cells (HSCs) and macrophage progenitors.

D1 결과에 대한 뒷받침

The process occurred in the spleen but not the bone marrow, and was independent of hemodynamic changes.

D2 결과에 대한 뒷받침

The effects of AngII required direct hormone ligation on HSCs, depended on S1P1 signaling, and allowed the extramedullary tissue to supply new tumor-associated macrophages throughout cancer progression.

D3 결과에 대한 뒷받침

Conversely, blocking AngII production prevented cancer-induced HSC and macrophage progenitor amplification and thus restrained the macrophage response at its source.


E 문제에 대한 대답

These findings indicate that AngII acts upstream of a potent macrophage amplification program


F 문제에 대한 대답

and that tumors can remotely exploit the hormone’s pathway to stimulate cancer-promoting immunity.


이러한 잘 된 초록을 통해, 우리는 이 논문이 종양에서 주로 발견되는 macrophage의 기원이 angiotensin II에 의해 spleen에서 proliferation되기 때문임을 알 수 있으며, 종양이 이러한 호르몬을 이용하고 있다는 점을 알 수 있다. 참 쉽죠? 



너무 너무 쉽다.


3. 서론 Introduction


사실 이 부분부터는 초록이라는 뼈대에 살을 입힌 것들이다. 초록에서 서론에 해당되는 부분은 배경지식-문제제기-문제제기에 대한 답에 대한 간략한 설명이다. 


 

A Regulatory T (Treg) cells, particularly those of the Foxp3+CD4+ subset, are critical regulators of immune responses. A1-1 They were originally described as controlling the activities of other T cells but were later recognized to regulate B cells and several innate immune system players. A2 There have also been recent reports of Treg cell control over nonimmunological processes. A2-1 Perhaps the best-characterized example is a unique population of Treg cells residing in the visceral adipose tissue (VAT) and regulating metabolic indices. A2-2 The prevalence, transcriptome, and T cell receptor (TCR) repertoire of this population are all distinct from those of their counterparts in lymphoid organs. ASurveying a variety of tissues to see whether other nonimmuno-logical processes might be controlled by analogous Treg popu- lations, Aour attention was drawn to a substantial accumulation of Foxp3+CD4+ T cells in skeletal muscle undergoing repair after acute injury.

BSkeletal muscle regeneration follows the same orchestrated plan regardless of the cause of muscle damage. BIt is driven largely by satellite cells, a pool of quiescent precursors closely associated with muscle fibers. BIn response to injury, these cells become activated, proliferate, differentiate, migrate, and fuse to form new myofibers. BThis series of events is controlled by the sequential activation and repression of specific transcription factors. BWith muscular dystrophies, in which chronic myofiber loss occurs due to genetic defects, the satellite cell pool is called on repeatedly, so it can exhaust or lose function over time, dampening the repair process.

CRegeneration of skeletal muscle is influenced by inflammatory events that accompany repair. C2Following an early, transient recruitment of neutrophils, myeloid mononuclear cells, mainly derived from a pool of circulating monocytes, infiltrate the injured tissue. CWithin days, the myeloid infiltrate transitions from a pro- to an anti-inflammatory phenotype, a shift that is critical for proper muscle repair. CAn initial population of proinflammatory, or M1-type, macrophages is required for clearance of apoptotic or necrotic cells and derivative debris; a subsequent population of anti-inflammatory, or M2-type, macrophages has various proregenerative functions, such as matrix remodeling and promotion of angiogenesis. CAbla- tion or impaired recruitment of macrophages severely compro- mises muscle repair.

DThough far less markedly, lymphocytes also accumulate in skeletal muscle after acute injury, as well as in the dystrophin-deficient muscles of mice harboring the mdx mutation or humans with Duchenne muscular dystrophy (DMD). D2Their function has not been well studied, although both CD4+ and CD8+ T cells seem to promote the mdx pathology. D3Even less is known about the composition and function of infiltrating T cell populations in models of acute muscle injury. DIn particular, the contribution of Treg cells is yet to be addressed.

E Here, we uncover a unique population of CD4+Foxp3+ Treg cells that accumulates in skeletal muscle shortly after acute injury. We address the impact of this population on muscle repair, its implication in genetically determined muscle aberrancies, and the potential therapeutic effects of modulating this population and one of the proregenerative factors it produce


Burzyn, D. et al. A Special Population of Regulatory T Cells Potentiates Muscle Repair. Cell 155, 1282–1295 (2013).



배경지식은 크게 알려진 사실과 알려지지 않은 사실로 구성되어 있다. 알려진 사실은 질문을 하기 위해 밑밥을 까는 상황이며, 큰 범주부터 작은 범주로 좁혀들어가는 깔대기 형식을 구성하고 있다. 위의 예문을 통해 보자면, A-B-C 단락에서는 모두 배경지식에 대한 설명을 하고 있다. A단락에서는 regulatory T cell에 대한 넓은 범주에 대한 설명을 하고 있고, B단락에서는 muscle repair에 대해 조금 더 작은 범주의 설명을, C단락에서는 이 과정에서 염증반응에 대한 더 좁아진 범주의 설명을 하고 있다. 그리고 드디어 D단락에 가서야 알려져 있지 않은 상황에 대한 이야기를 하고, 여기에서 문제가 도출된다. 위의 예문에서는 muscle repair과정에서 Treg의 역할이 바로 그 문제이다. 그리고, E 단락에서는 문제를 해결하기 위해 저자들이 한 실험의 결과를 간략하게 설명하고 있다. 

이처럼 서론에서는 논문이라는 집의 토대와 (배경지식) 주춧돌 (질문)을 내포하고 있으며, 이 부분이야말로 논문에서의 백미와 같은 부분이다. 


4. 결과 Results


결과에서는 서론에서 제기된 질문에 대답을 포함한다. 수행한 실험과 발견한 결과를 데이터의 나열과 수치로 표현하며, figure와 table로 구성되어 질문에 대한 세세한 답을 제시한다. 이 부분에서 가장 중요한 점은 모든 논문은 저자의 주관적인 관점이 포함되어야 한다는 점이다. 다음의 예를 살펴보자.


In the 20 control subjects, the mean resting blood pressure was 85 ± 5 mmHg. In comparison, in the 30 tennis players, the mean resting blood pressure was 94 ± 3 mmHg.


위의 결과의 문장은 객관적인 사실만을 포함하고 있다. 즉, 대조군의 혈압은 85 ± 5 mmHg이였고, 테니스를 친 사람들에게서는 94 ± 3 mmHg의 혈압을 "관찰"하였다는 점이다. 논문은 절대로 객관적인 사실을 기술하는 것이 아니다. 모든 논문에는 가설이 있고, 가설을 검증하는 과정이다. 이 과정에서 주관적인 기술로 제시한 가설을 검증하는 과정이 되어야지, 객관적인 사실만을 나열하는 것은 결코 가설의 검증이라는 측면에서 좋은 방식이 아니다. 위 문장으로 다시 돌아가서, 저자가 테니스를 친 사람들에게서 혈압이 높아진다는 가설을 설정했다고 상정해보자. 그렇다면, "테니스를 쳤을 때, 혈압이 상승한다."가 주요한 문장이 되어야 한다. 다음과 같이 말이다.


The mean resting blood pressure was higher in the 30 tennis players than in the 20 control subjects (94 ± 3 vs. 85 ± 5 mmHg, p < 0.02) 


이처럼 결과가 도출되는 과정은 최대한 객관적이여야 하지만, 결과에 대한 기술은 절대로 객관적여서는 안 된다


이러한 결과의 구성은 대게 한 실험이 다른 실험을 결정하는 연구으로 구성되거나, 모든 실험이 미리 디자인되는 연구로 나뉜다. 각각의 구성은 다음과 같다. 


한 실험이 다른 실험을 결정하는 연구의 구성 

질문A → 질문을 해결하기 위한 실험의 개요 → 실험의 결과/질문에 대한 대답 → 질문 B → 반복 


모든 실험이 미리 디자인된 연구

미리 디자인된 연구에서 관찰한 것 중 가장 중요한 것 → 다음으로 중요한 것


모든 실험이 미리 디자인된 연구는 주로 환자들을 대상으로 한 임상연구들이, 한 실험이 다른 실험을 결정하는 연구의 경우는 우리가 흔히 보는 실험 논문들이다. 먼저 모든 실험이 미리 디자인된 연구의 경우를 살펴보자.

다음의 논문은 Ipilimumab과 decarbazine의 혼합요법이 metastatic melanoma 환자들 502명에게 미치는 효과를 본 논문이다.


Efficacy analyses were performed on the intention-to-treat population. A survival analysis was performed after 414 deaths occurred, 37 months after the last patient was enrolled. The median overall survival in the ipilimumab–dacarbazine group was 11.2 months (95% confidence interval [CI], 9.4 to 13.6), as compared with 9.1 months (95% CI, 7.8 to 10.5) in the dacarbazine group, with estimated survival rates in the two groups, respec- tively, of 47.3% and 36.3% at 1 year, 28.5% and 17.9% at 2 years, and 20.8% and 12.2% at 3 years (hazard ratio for death with ipilimumab–dacarbazine, 0.72; P<0.001) (Fig. 1A). Ipilimumab was associated with improved overall survival across patient subgroups, including those defined according to age, sex, ECOG performance status, baseline serum lactate dehydrogenase level, and substage of metastatic disease (Fig. 2).

There was a 24% reduction in the risk of progression in the ipilimumab–dacarbazine group as compared with the dacarbazine group (hazard ratio for progression, 0.76; P=0.006). The median values for progression-free survival were similar in the two groups because the first assessment of progression occurred at week 12 after the true median. After the first tumor assessment, the Kaplan–Meier curves separated (Fig. 1B).

The safety analysis included all patients who underwent randomization and received at least one dose of the assigned study drug (498 patients). The adverse events reported in the safety popula- tion are listed in Table 3. Adverse events (all grades) for which there was a higher incidence in the ipilimumab–dacarbazine group than in the dacarbazine group included elevation of alanine aminotransferase levels (in 33.2% of patients vs. 5.6%), elevation of aspartate aminotransferase lev- els (29.1% vs. 5.6%), diarrhea (36.4% vs. 24.7%), pruritus (29.6% vs. 8.8%), and rash (24.7% vs. 6.8%). Grade 3 or 4 adverse events occurred in 56.3% of patients receiving ipilimumab plus dacarbazine and in 27.5% of patients receiving pla- cebo plus dacarbazine (P<0.001).


Robert, C. et al. Ipilimumab plus dacarbazine for previously untreated metastatic melanoma. N Engl J Med 364, 2517–2526 (2011).


 당신이 이 논문의 저자라면, 이 논문의 결과 부분에서 가장 중요한 것이 무엇이겠는가? 당연히도, 약물에 의한 생존률일 것이다. 다음으로 중요한 것은 다른 약물의 효과와의 비교가 될 것이고 (이 경우에는 decarbazine 단독치료), 약물에 의한 부작용 역시 중요하게 기술되어야 할 것이다. 이처럼 미리 디자인된 연구는 결과를 기술한다. 이 경우 저자의 주관이 작용하는 부분은 바로 기술의 순서이다. 저자의 주관에 따라 가장 중요한 결과부터 덜 중요한 결과의 순서로 기술하게 되고, 이 과정에서 논문에서 주장하고 싶은 부분이 드러나게 된다. 


다음으로는 한 실험이 다른 실험을 결정하는 연구의 예를 살펴 보자.


To compare the proliferation of PMN-MDSCs and M-MDSCs and their immediate precursors in vivo, we injected 5-bromodeoxyuridine (BrdU; thymidine analog incorporated by cycling cells) intraperitoneally into EL-4 tumor-bearing mice and measured its incorporation into M-MDSCs and PMN-MDSCs in BM and spleen cells 5 or 24 h later (Fig. 1d,e). As a control, we measured BrdU incorporation in monocytes and PMNs from naive tumor-free mice. M-MDSCs had a 5–6-fold greater BrdU incorporation than PMN-MDSCs did in BM of EL-4 tumor mice (Fig. 1d). We observed no differences in BrdU uptake between PMN-MDSCs from tumor-bearing mice and PMNs from naive mice; M-MDSCs from tumor-bearing mice incorporated more than twofold more BrdU than monocytes from naive mice did (Fig. 1d). Monocytes and PMNs from spleens of naive mice and PMN-MDSCs from spleens of tumor-bearing mice had similar BrdU uptake, whereas M-MDSCs incorporated 2–3-fold more BrdU (Fig. 1e).

We next investigated GM-CSF–driven expansion of sorted populations of BM PMN-MDSCs and M-MDSCs in vitro, cultured with or without tumor explant supernatants. We evaluated the total number of recovered cells as well as cell proliferation. PMN-MDSCs and PMNs exhibited no proliferative activity and poor survival in culture. Tumor explant supernatants improved survival of PMNs and PMN- MDSCs without an effect on proliferation. In contrast, M-MDSCs proliferated and expanded much better than monocytes or PMN- MDSCs did (Supplementary Fig. 2 and Fig. 1f). However, the ratio between PMN-MDSCs and M-MDSCs remained largely unchanged in the total population of Gr-1+CD11b+ MDSCs in vitro (Fig. 1g). Thus, despite the fact that M-MDSCs and their precursors had a higher proliferation rate than monocytes did, their accumulation in tumor-bearing mice was barely detectable. In contrast, precursors of PMN-MDSCs proliferated at similar rates as the PMNs did but expanded dramatically in tumor-bearing hosts. In addition, PMN-MDSCs represented a large percentage of MDSCs during culture, despite the lack of expansion in vitro and their poor survival, suggesting that the pool of PMN-MDSCs may be replenished from M-MDSCs.


Youn, J.-I. et al. Epigenetic silencing of retinoblastoma gene regulates pathologic differentiation of myeloid cells in cancer. Nat Immunol 14, 211–220 (2013).

 

이 논문은 전형적으로 한 실험이 다른 실험을 결정하는 연구의 예이다. PMN-MDSCs와 M-MDSC의 proliferation을 비교하기 위해 (질문), BrdU를 EL4 종양 동물모델에 접종한 후 (실험), M-MDSC와 PMN-MDSC의 proliferation을 관찰하고 이를 기술하고 (실험의 결과) 이것이 실험의 결과가 된다. 그리고 이는 새로운 질문 (위의 예에서는 두 번 째 단락)으로 이어지게 된다. 

이러한 결과 섹션에서는 그래프와 표와 같은 데이터들이 근거로 제시되며, 구체적인 숫자로 평균값, 신뢰구간, 그리고 대조군와의 통계적 유의성이 제시되어야 한다. 이를 테면 아래의 그래프와 같이 말이다.


Ding W, Shimada H, Li L, et al. Retinoid agonist Am80-enhanced neutrophil bactericidal activity arising from granulopoiesis in vitro and in a neutropenic mouse model. Blood. 2013;121(6):996–1007. 


각각의 데이터를 어떻게 제시할 지를 포함해서 결과를 기술하는 방법에 대해서는 추후에 자세히 다루기로 하자. 


5. 고찰 Discussion

고찰은 서론에서 제기된 질문에 답을 하는 것이다. 결과가 어떻게 가설을 뒷받침하는지, 그리고 대답이 주제와 관련해 현존하는 지식과 어떻게 일맥상통하는지를 설명하며, 가설이 참인지 거짓인지를 대답하는 것이다. 고찰에서는 흔히 다음과 같은 부분들을 다루게 된다. 


① 질문에 대한 대답

② 자신의 업적과 다른 사람들의 업적을 비교

③ 대답에 대한 방어

④ 관찰된 모순된 결과를 설명 

⑤ 이 논문의 참신성을 제시 

⑥ 이 논문의 괴리를 제시 

⑦ 예기치 못한 발견을 설명 

⑧ 방법의 한계/ 연구디자인 및 가설의 타당성에서의 결함에 대한 고찰

⑨ 중요성의 확립 - 임상적/과학적 관점에서 


자, 다음의 예를 살펴보자.


It has recently become clear that the immune system has a crucial role in modulating tumor progression and response to therapy. Numerous anticancer agents that were used in the past for their cytotoxic properties can modulate the host immune system, and sometimes induce a long-term protective memory T cell response. We unveiled a previously unknown environment in the MZ of the spleen of tumor-bearing hosts in which immunoregulatory monocytes coexist with memory CD8+ T cells. These multipotent inflammatory monocytes are recruited to the MZ by CCL2 and crosstolerize Ag-specific lymphocytes, at least in part by sampling tumor-released of the high proliferative rate of these exosomes. Because monocytes, some chemotherapeutic agents are very active in depleting them while sparing poorly proliferating lymphocytes, and the subsequent occupation of the splenic environment by CD8+ T cells hampers the replenishment of myeloid cells fol- lowing chemotherapy. The contribution of both depletion of regulatory T lymphocytes and induction of immunogenic cancer cell death by chemotherapy to the described phenomena was negligible. These findings provide a rational explanation for the often empirical and paradoxical observation that chemotherapy is one of the most effective adjuvants for ACT, and suggest that an extensive lympho-myeloablation before ACT is likely unnecessary or even detrimental. We propose that our findings lay the foundation for defining both the dose and class of chemotherapeutic agents that will have the greatest impact on ACT.

Our data depict two scenarios for future approaches aimed at enhancing ACT therapeutic impact. First, metronomic chemotherapy treatment could be exploited to maintain a long- term contraction of the immunosuppressive monocyte expansion. Metronomic chemotherapy was originally developed to vercome drug resistance; however, low-dose cyclophosphomide was reported to limit regulatory T lymphocytes and increase innate immune response (Ghiringhelli et al., 2004; Ghir- inghelli et al., 2007). Second, chemotherapeutic drugs with distinct immunomodulatory properties could be combined with cancer immunotherapy. As recently reviewed, in fact, some agents can induce immunogenic cancer-cell death (Galluzzi et al., 2012; Zitvogel et al., 2011). Of interest, many of the drugs that alter the splenic immunoregulatory environment do not affect the immunogenic context of cancer death. Future devel- opments could thus be based on optimizing low-dose chemotherapy to eliminate immunosuppressive monocytes before administering a specific drug that is able to elicit immunogenic death and increase tumor-Ag uptake by APCs present in the tumor microenvironment.

A prediction based on our data is that adoptive transfer of Ag-specific CD8+ TCM would be the best choice for passive immuno- therapy, because these cells may be able to interfere with myeloid cell expansion in the spleen following chemotherapy. Indeed, this hypothesis is supported by some published experi- mental data showing that adoptively transferred CD8+ TCM were more potent than effector memory CD8+ T cells specific for a melanoma Ag in causing the eradication of large established tumors (Klebanoff et al., 2005). Of interest, this greater efficacy achieved with CD8+ TCM was related to the ability of tumor-reactive T cells to traffic better to secondary lymphoid organs than to tumor sites (Klebanoff et al., 2005).

CCL2 has multiple roles in cancer progression. Gr-1+ inflam- matory monocytes were not found at primary mammary tumor lesions, and instead were preferentially recruited by CCL2 to pulmonary metastases to assist tumor spreading. Moreover, CCL2 expression and macrophage infiltration were shown to correlate with poor prognosis and metastatic disease in human breast cancer (Qian et al., 2011). Recent evidence, however, shows that the antitumor effects of CCL2 blockade in vivo are dependent on the host immune system. In fact, administration of anti-CCL2 monoclonal antibody (mAb) induced tumor-spe- cific CD8+ T cell activation and expansion rather than a decrease in the number of tumor-associated macrophages (Fridlender et al., 2010, 2011). Moreover, the antitumor effects of CCL2 blockade was completely lost in immunodeficient mice or after CD8+ T cell depletion, clearly enforcing the concept that CCL2 blockade reestablishes the immune response in the tumor- bearing host, in similarity to the data we obtained with either 5-FU administration or ccl2/ccr2 gene knockout ablation. Moreover, we show here that CCL2 serum levels correlate with the expansion of immature myeloid cells in the blood of cancer patients, and, more importantly, with the clinical response to cancer vaccination in patients who develop broad immune responses to the tumor Ags present in the vaccine. The spleen is not easily accessible in patients, but our findings indicate that blood may be used to provide information relevant for the clinical outcomes of cancer immunotherapy.


Ugel, S. et al. Immune Tolerance to Tumor Antigens Occurs in a Specialized Environment of the Spleen. CellReports 2, 628–639 (2012).


위의 논문의 고찰은 아주 충실하게 기존의 패러다임을 설명하고, 현재 독자가 읽고 있는 논문의 참신성을 제시하며, 앞으로 이 논문에서 발견한 점들이 어떻게 해석될지를 제시하고, 이것이 타당성을 지니고 있는지를 보여주고 있다. 또한, 임상적인 측면과 과학적 측면에서 본 논문의 중요성을 제시하고 있다. 이처럼, 고찰 섹션은 논문을 끝맺음 하면서, 발견을 정리하고, 그 발견에 의미를 불어넣는 작업과 같다. 


6. 어떻게 논문을 읽을 것인가? 

자, 지금까지 우리는 한 편의 논문이 어떻게 구성되어 있는지를 간략하게 알아보았다. 그렇다면, 어떻게 논문을 잘 읽고, 이를 소화하는 것이 현명한 방법일까? 


빠르게 읽어라

시간은 한정되어 있다. 실험실이라는 환경 자체가 오랜 시간 동안 집중하기가 힘든 환경이기도 하고, 인간의 집중력에는 한계가 있기 마련이다. 이에 따라,  노트북을 켜고 앉아있을 수 있는 시간 중 실제로 논문을 읽을 수 있는 시간은 얼마 되지 않는다. 이 시간을 최대한 활용하기 위해서는 빠른 시간 내에 읽는 방법밖에는 없다.


논문의 뼈대를 확인하라

모든 논문의 구조는 앞서 설명한 것과 같이 일정한 공식에 따라 구성되어 있다. 따라서, 논문의 뼈대를 빠르게 확인해서 논문의 전체 메시지를 파악하는 것이 중요하다. 이 과정에서 가장 중요한 점이 바로 논문의 제목과 초록이다. 이 두 부분은 그 논문의 모든 것을 요약 해 놓은 부분이기 때문에, 시간이 없을 때에는 이 부분만을 살펴보아도, 논문의 전체 줄거리를 파악하는데 어려움이 없다. 서론 부분같은 경우, 논문이 쓰여지게 된 배경지식을 다루고 있기 때문에, 비슷한 주제를 다루는 여러 논문들이 비슷한 배경지식에서 태어난 경우들이 많다. 따라서, 처음으로 새로운 분야에 대한 논문을 접하게 되는 것이 아니라면, 지나쳐도 무방하다. 단, 논문에서 가장 중요한 질문이 나오는 부분은 반드시 체크하고 넘어가야 할 것이다. 대게 서론의 가장 마지막 1-2 단락이 제일 중요하다. 


다이어그램을 활용하라

요약에서 가장 효율적인 방법은 바로 다이어그램을 그리는 것이다. 대부분의 논문들은 구조적으로 잘 짜여져 있고, 한 가지 주제에 대해서 이야기하는 경우들이 많기 때문에, 이를 잘 정리해서 하나의 그림으로 그리는 것이 가능하다. 다이어그램을 정리하는 방법이야 사람들마다 다르고, 논문마다 다르기 때문에 정형화된 틀은 없다. 하지만, 가장 중요한 점은 당신의 머릿속에 오래 보관될 수 있을 정도로 단순화된 다이어그램이여야 한다는 점이다. 아래는 정리된 다이어그램의 예이다. 



 


한 줄로 요약하라

논문이 말하고자 하는 메시지를 한 줄로 요약하라. 그렇다고, 키워드 정도로 짧아진 정도로 요약하라는 이야기는 아니고, 논문에서 말하려는 바를 한 문장으로 요약해서 머리 속에 꾸겨넣을 수 있을 정도로 요약하라는 이야기이다. 이렇게 요약하자면 논문의 제목과 굉장히 비슷하게 되는데, 요약된 한 줄과 논문의 제목과 가장 큰 차이는 독자의 흥미를 끌지 않아도 된다는 점이다. 다음의 예를 보자. 


Origins of tumor-associated marcphages and neutrophils. Proc Natl Acad Sci USA 109, 2491–2496 (2012).


위 제목은 핵심어구로 구성된 제목이다. 아래는 위 논문을 정리해서 다이어그램으로 만든 것이다. 


 

위 논문에서는 tumor (Kras activation과 p53 inactivation에 의해 유도된)가 spleen에서 tumor-associated macropahge와 neutrophil의 precursor의 양을 증가시키고, proliferation을 유도하게 되어서, TAM의 경우는 CCR2에 의해, TAN의 경우는 CCR2이외의 아직은 잘 모르는 신호전달체계를 통해 종양이 생기는 부위로 모여들게 해서 종양의 성장을 유도하는 내용을 담고 있다. 이는 대부분의 hematopoietic stem cell의 proliferation이 bone marrow에서 일어나는데 비해, 종양이 spleen에서 TAM과 TAN의 전구세포들의 성장을 유도한다는 점에서 의의가 있다. 따라서, 주관적인 관점에서 정리된 이 논문을 한 줄로 요약하면 다음과 같다.


Tumor induces proliferation of TAM/TAN precursors in the spleen 


뭐, 요약본이야 사람들마다 다 다를테고, 머릿속에 집어 넣고 싶은 내용도 사람들마다 다를테니, 요약본에 정답은 없다. 중요한 건 한 달 뒤에 어렴풋이 기억난 바로 그 논문을 최대한 빠른 시간 내에 먼지가 소복히 쌓인 당신의 뇌속에서 끄집어낼 수 있을 정도로 짧고 임팩트 있는 요약문이다. 


7. 정리 

   논문의 구성

         - 제목/초록/서론/본론/고찰

논문을 어떻게 읽을 것인가?

- 빠르게 읽어라.

- 논문의 뼈대를 확인하라.

- 다이어그램을 활용하라.

- 한줄로 요약하라.

한 편의 논문은 한 채의 집과 같다. 집의 모양이야 시대에 따라, 공법에 따라 굉장히 다양한 모습이지만, 집을 짓는 과정은 일정한 규칙을 지니고 있다. 즉, 토대를 다지고, 주춧돌을 세우고, 기둥을 세우고, 벽을 세우고 지붕을 덮는 일련의 과정이 그것이다. 이처럼 한 편의 논문도 일정한 공식에 따라 지어지게 된다. 문제는 연구실에서 어느 누구도 당신에게 이러한 공식을 세세히 알려주지는 않는다는 점이다. 물론, 천재적인 일부의 연구자들은 누가 알려주지 않아도 척척 논문을 써대고는 하지만, 가슴에 손을 얹고 곰곰히 생각해보라. 논문쓰기에 대한 스트레스를 가지고 있으면서, 노트북에 앉아 워드를 켜놓고 한 문장을 쓰는 데에만 하루가 꼬박 걸리면서 나는 왜 이렇게 멍청한지를 수 백 번 되뇌이다가, 서점에서 한숨을 푹 쉰 채 이 멍청한 표지의 책을 구매했다는 것만으로도, 적어도 이 책을 읽고 있는 당신은 그런 천재적인 부류에 속하는 사람은 절대로 아니라는 것을 증명한다. 뭐, 그렇다고 이 일을 집어치우고 앞치마 입고 치킨을 튀길 정도로 용기가 있는 사람도 절대로 아니겠지만 말이다. 어쩌겠는가? 이제부터 당신이 할 일은 열심히 논문을 읽고, 정리하고, 쓰는 일 밖에는 없다. 물론, 이 과정에서 이 글들이 쥐똥만큼 당신에게 도움이 될지도 모른다. 적어도 라면 받침보다는 쓸모있다고 확신한다.







Posted by 우울증에걸린마빈
  1. 김범식
    감사히 잘 읽고 갑니다. 좋은 글 감사합니다.

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