MD & PhD

이런 걸 "파격적 대우" 라고 합니다.

자 이 Patrick Hsu 라는 친구는, 만으로 23세입니다. 지금 Salk institute에 Faculty position으로 랩을 꾸리고 있습니다.

정확하게는, Salk fellows program으로 3년간 독립적인 실험실과 그와 연관되는 연구비, 인적 자원이 제공되고, 2년간 extension이 가능합니다.

어디에 소속되어서 보스의 눈치를 보거나, 논문 저자에 대한 걱정 없이, independent group leader로서의 자격을 주고, 2년간 Faculty로서 연구소를 누빌 수 있습니다.

계약 사항은 정확하게 알 수 없지만, 대략 일반적인 연구 중심 대학의 Faculty position의 startup money가 100만불 정도 된다는 것을 보면,

그에 준하는 수준일 것으로 보입니다. 자그마치 10-12억이죠.

Clarity로 유명한, MIT의 정광훈 교수는 MIT에서 recruit할 때,2013년도에 27억을 제시했고, 실제로 그 일이 벌어졌습니다. 

자, 물론, 이들은,소위 말하는 NCS라는 논문에 세계적인 성과를 내었고, 그 분야를 새롭게 연 사람들이라서 저런 대우를 받았는 것은 사실입니다만....

과연 이 사람들이 한국에 들어온다고 할 때, 우리는 이만큼 파격적(?)인 제안을 할 수 있을까요?

학교측에서는 "뽑아주는 게 어디냐?" 라고 생각할 것 같은데요.

일단 들어와서,

신진 연구비 5천만원부터 써보지? 우리는 Start up 머니가 없어. 니가 알아서 비비면서 연구해~ 라고 하지는 않나요?

한국에서 그나마 파격적인 대우를 해주는 곳도, 1억 정도 수준으로 알고 있는데, 과연 1억으로 저 12억짜리 핵폭탄을 깨부술 수 있을까요? 더군다나 그들은 세계 최초의 발견을 해놓은 사람들인데...

파격적 돈까지는 아니더라도, 정말 멋지고, 창의적인 아이디어를 샘솟게 할 수 있는 환경이라도 구축해 주세요.

P.S. Salk는 샌디에고 근처의 라 호야는 날씨도 좋아요~

https://www.salk.edu/news-release/new-salk-helmsley-fellow-brings-cutting-edge-gene-editing-technologies-to-the-salk-institute/?fbclid=IwAR2BPXgj6mdto2r3Pc5ggXN69n9lqhxGh4N12cKpNndb3k7kmSiU62d955M

https://biz.chosun.com/site/data/html_dir/2013/05/14/2013051402756.html?Dep0=twitter&fbclid=IwAR0qmJtDKvJ15UxGPctXaQk7TWHClM_Laneb4ncElhAiQIuwWl8EibxhuhU

https://www.mcb.harvard.edu/mco/patrick-hsu-named-one-of-forbes-30-scientists-under-30/?fbclid=IwAR3auX7A4AZD554tlxVIG2rrUaa6eCpIU4Bui5LvCE4gUHf2wHGrNFFhbbs

그리고 이 친구가 2019년도 부터는 버클리에서 조교수로 근무하면서 연구하고 있네요. 역시 미국은 멋진 나라입니다.

https://bioeng.berkeley.edu/faculty/patrick-hsu

http://patrickhsulab.org/

그리고 아래는 짱펭 사단의 젊은 연구자들.

https://scholar.google.com/citations?user=LhnU_joAAAAJ&hl=en

https://scholar.google.com/citations?user=sfJIWdcAAAAJ&hl=en

https://scholar.google.com/citations?user=uUN8v68AAAAJ&hl=en

https://scholar.google.com/citations?user=B5QpZooAAAAJ&hl=en

안녕하세요. 오지의 마법사입니다.

현재 바이오 분야에서는 Bioinformatic tool이 거의 필수라고 보입니다. 쉽게 생각하면, 컴퓨터로 무언가 생물학을 푸는 느낌이지만, 안을 들여다 보면, 아주 흥미 진진한 분야이기도 합니다. 최근 데이터의 양과 컴퓨터 툴의 발전으로 많은 것을 Bioinformatic tool로 해결하고 있습니다.

제가 바이오 연구를 처음 시작하고, 포항공대(POSTECH iBIO)에 Bioinformatic tool을 배우러 갔을 때 만난 인연이 아직까지 이어져서, 여전히 아주 좋은 형님-동생 사이를 유지하고 있습니다.

그 시절에, 한창 실험하고, 배우다가, 밤에 가끔씩 배틀넷으로 스타크래프트를 하면서 재미있게 시간을 보냈던 기억이 새록새록 납니다.

그 이후, 항상 Bioinformatic tool에 대한 질문이나, 의문, 궁금증이 있을 때 많은 도움을 얻었고, 그 때마다 자세하고 재미난 설명을 해 주었던 형이십니다. 업무적으로는 충분히 다를 수 있겠지만, 아마도, PI로서 일을 할 때도 비교적 비슷한 형태로, 물고기를 잡을 수 있는 방법을 가르쳐 주시지 않을까 하는 생각을 해 봅니다.

참고로, Sungyong You 박사님은 Bioinformatics을 중점적으로 연구하시고, Systems biology를 하시는 분이십니다. 좋은 논문은 벌써 많이 출판되어 있어서 Bric 한빛사에도 소개가 되었던 적이 있으십니다.

현재는 병원에 소속되셔서 조교수로 연구하기 때문에, 아주 좋은 Translational research가 가능할 것이라고 생각합니다. 아울러, 3년간 Full로 서포트할 수 있는 연구비를 가지고 있기 때문에, 최근 자기 펀드를 가지고 와야만 미국에서 포닥을 할 수 있는 분위기와는 전혀 다르게, 금전적인 부분에 대한 걱정도 않으셔도 됩니다. 즉, 연구만 집중하시면 된다는 이야기입니다.

기본적으로, 컴퓨터를 다룰 수 있으며, Bioinformatic을 하실 수 있는 사람을 모집하고 있는 것 같구요. 석사급 연구원 혹은 박사 후 연구원을 모집하는 것 같습니다.

계신 곳은 Cedars-Sinai Medical Center(CSMC)로 LA에 위치하고 있어서, Southern California의 분위기를 물씬 느끼실 수 있습니다.

만약에 관심있으신 분은 공식적으로 Sungyong.You@cshs.org 로 연락하시면 될 듯 합니다.

이렇게 그 분의 연구원 모집 공고를 올립니다. (참고로 허락은 받았으니, 마음껏 퍼가시거나 공유하시거나, 아시는 분께, 해당하실 분 이름을 댓글로 남기셔서 알려 주셔도 됩니다)
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안녕하세요. 오늘은 페친분들께 제 소식도 전하고 저희 연구그룹에서 진행하고 있는 연구원 모집에대한 부분도 전하고자 합니다.

저는 현재 LA에 있는 Cedars-Sinai Medical Center (CSMC)에서 genitourinary diseases (e.g. prostate cancer, bladder cancer, benign urologic diseases etc...)에 대한 연구를 진행하고 있습니다. 주로 NGS-base Genomics, Mass-based Proteomics and/or Metabolomics등의 omics technology를 통해 생산된 대량의 정보를 분석하기 위한 computational approach를 개발하고 이를 통해 임상 또는 전임상에 적용가능한 지식을 찾는 연구를 진행하고 있습니다.

그리고 올해 현 institute에서 official offer를 받게 되었고, 곧 Assistant Professor로 부임하게되었습니다.

또한 저희 institute에서는 Genito-Urinary (GU) bioinformatics team을 구성하는 계획을 세우게 되었으며, 저는 이 team에 director로서 역할을 하게 되었습니다. 이에 역량있는 그룹 구성원을 찾고 있습니다. 조만간 공식적인 연구원 모집공고가 나올것입니다만, 이전에 관심있는 분들이 있으시면 먼저 논의하면 좋을거 같아 이렇게 글을 올리게 되었습니다.

현재 저희 그룹에서는 1명의 Research Bioinformatician (박사후 연구원 또는 역량있는 석사 연구원)과 1명의 Software Engineer (박사후 연구원 또는 역량있는 석사 연구원)를 찾고 있습니다.

현재 Urology department에서 3년간의 지속적인 funding support를 약속하였으며, fund에 대한 부담없이 연구에 몰입할 수 있는 최적의 환경을 보장해드립니다. 학위는 국내 혹은 미국 무관합니다. 전공은 Systems Biology, Computer Science, BioStatistics, Computational Biology, Bioinformatics에 대한 background를 가지고 computational approach를 개발 또는 적용하여 질환연구를 같이 진행하실 수 있는 분을 선호합니다.

당연히 job description 외에 salary level, visa, 그리고 benefit 관련해서 궁금하신 부분이 많을 것으로 생각합니다. 좀 더

자세한 사항을 알고 싶으시거나, 저희 연구그룹에 관심이 있으신 분들은 자유롭게 아래 email 주소로 연락주시기 바랍니다. 주변에 관심을 가지실만한 분들에게도 널리 알려주시면 감사하겠습니다.

Sungyong.You@cshs.org

안녕하세요. 오지의 마법사입니다.

오늘은, Signaling pathways 중에서 가장 중요한 molecule이라고 할 수 있는 Wnt pathways들 간략하게 소개하고, 관련 정보 사이트(The Wnt homepage)를 소개하고자 합니다.

Wnt protein은 사실상 안 건드리는 곳이 없을 정도로 광범위하게 유전자 조절에 관여합니다. 기본적으로, Wnt 라는 이름은, Wingless-related integration site라는 것에서 유래했는데, Wg(Wingless)와 Int라는 유전자가 합쳐서 만들어진 단어입니다.

간략하게 Wnt라는 유전자가 하는 일을 살펴보면, Drosophila에서 Wnt 유전자에 문제가 생기면, Wing의 발생을 저해하거나, 과다 발현이 되는 경우에 암이 발생한다거나, Stem cell commitment를 조절한다거나... 등등 아주 많은 일을 하고 있습니다.

현재의 관점에서는, 특정하게, 무언가 한다는 개념보다는, 시기와 장소에 따라서, 각 Wnt protein이 Spatio-temporal dynamics를 가지고, 그때 그때마다, 다른 역할을 할 수 있다고 알려져 있습니다. 즉, 하나의 기능으로 특정할 수 없다는 이야기이지요.

이 유전자가 기능적으로 다양한 역할을 하는 것 뿐만 아니라, 이렇게 많은 관심을 받을 수밖에 없는 또 다른 이유는, 바로, 이 유전자가 highly conserved molecules이기 때문입니다. 즉, 서로 다른 종임에도 불구하고, 비교적 비슷한 형태의 signaling pathway를 가지고 있다는 이야기지요. 생물 종 전반에 미치는 영향이 크다는 이야기이기도 합니다.

현재까지 알려져 있기로, 크게 세가지의 pathways가 있다고 알려져 있는데,
1) the canonical Wnt pathway
2) the noncanonical planar cell polarity pathway(PCP), 그리고
3) the noncanonical Wnt/calcium pathway입니다.

물론 크게 canonical/ non-canonical로 나누기도 합니다.

각 pathways 별로 각기 다른 ligands와 Transcription factors가 작용하는데, 크리티컬하게는 Canonical pathway는 b-catenin이 연계되고, non-canonical pathway는 b-catenin이 연계되지 않은 것으로 구분하고 있습니다.

오늘 메인으로 소개할 사이트는 이름하여, "The" Wnt homepage입니다. 클릭하셔서 살펴보시면 더 자세하게 아실 수 있어요.
http://web.stanford.edu/group/nusselab/cgi-bin/wnt/main

Stanford대학의 Roel Nusse 교수가 1997년부터 현재까지 유지하고 있는 홈페이지입니다. Interface는 현재 관점에서 본다면, 조금 구리(?)지만, 충분히 많은 정보를 얻을 수가 있습니다.

각 Wnt의 component와 signaling pathways, 주요 molecules에 대한 설명과 연계 유전자들이 비교적 일목요연하게 정리되어 있습니다.

개인적으로 Wnt를 조금이라도 공부한 사람들은, Roel Nusse 교수의 Review articles을 안 본 적이 없을 것이라고 생각합니다.

만약, 자신이 Wnt를 연구하고 있음에도 아직 이분의 리뷰 아티클을 보지 않았다면, 감히, 아직 공부를 덜 했을 것이라는 결론을 지을 정도로, 이분은 최신 업데이트된 Review 매년, 어디서든, 출판해 오고 있었고, 현재 진행형입니다.

요새는 조금 Review 아티클이 뜸한 것 같아 보이긴 하지만, 여전히 Nature에 단독저자로 Wnt와 관련된 커멘터리도 쓰셨고, research article도 쓰셨죠.

"Cell signalling: Disarming Wnt." Nature. 2015;519(7542):163-4.
http://www.nature.com/…/jou…/v519/n7542/abs/nature14208.html

"Self-renewing diploid Axin2(+) cells fuel homeostatic renewal of the liver." Nature. 2015;524(7564):180-5.
http://www.nature.com/…/jo…/v524/n7564/full/nature14863.html

여하튼, 이분이 실험을 시작하고, 공동 저자로 논문을 최초로 publish한 것이 1975년도이고, mouse mammary tumor virus를 이용해서, oncogenic(암을 만드는) Wnt의 영향을 최초로 밝힌 것이 1982년도이니깐, 사실상 40년간 Wnt만 죽으라고~~~~ 판 덕후 중의 최고봉 "덕후"입니다. 

그리고, 이를 통해서, Howard Hughes Medical Institute(HHMI)도 되고, Stanford 교수도 되고, 즐겁게 살아가고 있으니, 충분히 덕질을 할만도 합니다. 

Wnt 연구 뿐만 아니라, 다양한 Signaling pathway를 연구하시는 분들, 이제, 하나의 Molecule을 잡아서 죽도록 40년간 파봅시다~

그러면, 한국에서는 대가가 되기 보다는, 치킨집 사장이 될 가능성이 높아 보이긴 하지만.. 그게 어디에요, 혹시 아나요. Wnt 전문 치킨집, FGF 전문 치킨집, TGF-b ablated 치킨, EGF treated 새끈 노화 방지 치킨집. 그리고 Protein을 이용한 새로운 b-catenin 굽네 치킨이 나올지. 

제 주변을 보면, 하나의 Pathway에 올인해서, 연구를 하시는 교수님들이 몇 분 계시긴 합니다만, 연구비 딸 때마다, 무언가 Fancy한 Tool을 끄집어 내서 연구비 쥐어짜내는 게 힘들다는 말씀을 하십니다.

우리나라에서도, 하나의 Molecules에만 올인해도 먹고 살 수 있고, 꾸준히 연구할 수 있는 분위기가 마련되길 간절히 기도하면서 글을 마칩니다. 

http://web.stanford.edu/group/nusselab/cgi-bin/wnt/main

우리나라는 결핵 우범(?) 지역입니다. 전세계적으로 결핵은 특정 상황, 예컨대 HIV infection으로 인한 AIDS에서 HIV를 발견하는 하나의 증상으로 예시되고 있는데, 우리나라는 HIV 없이도 결핵에 걸릴 수가 있죠. 따라서, 결핵은 우리나라 보건에서 아주 중요한 자리를 차지하고 있습니다. 심지어, 결핵과 전문의도 우리나라에는 존재해요. 

Cell에서 결핵에 관한, 아주 자세한 Review article을 제시했습니다. 최신 pathogenesis 경향이라고나 할까요. 결핵에 대해서 자세히 써놓은 논문이면서도 "꽁짜"로 풀려 있으니깐, 많이 많이 읽으세요~

안녕하세요. 오지의 마법사입니다.

오늘은 Cell line에 대한 이야기를 해 볼까 합니다.

모든 과학실험에서도 마찬가지이겠지만, 바이오 실험에서 Reproducibility는 아주 중요합니다. (https://en.wikipedia.org/wiki/Reproducibility) 그렇기 때문에, 어떻게 실험했다는 Methods and Material 섹션이 중요하게 다루어 집니다.

대단한 발견을 했지만,아주 아주 특별한 조건에서만 재현된다면, 실험적 가치가 떨어지는 경우가 많죠.

심각한 경우에는 그것이 재현되지 않으면서, 조작설에 휩싸이기도 하고, 실제로 그것이 일어났습니다. STAP cell 사건(https://en.wikipedia.org/wiki/Haruko_Obokata)

특히, 사람의 경우에는 인종, 나이, 성별, 문화 등등, 워낙 다양한 조건이기 때문에, 실험 재현이 어려운 경우가 많습니다. 혹자는 사람에 한해서, 재현성이 40% 정도만 되어도 충분히 제약 시장에 먹힐 수 있는 약을 만들 수 있다는 이야기도 합니다.

바이오 실험에서의 재현성을 확보하기 위해서, 가장 잘 만들어 놓은 것이 바로 마우스 라인들이죠. 흔히 말하는 C57Bl/C, BalbC 등등의 inbred mice는 사실상 genetic background가 20회 이상의 근친교배(정확히는 형매 교배)로 고정되어 있죠. 그렇기 때문에, 마우스 실험에서 하나의 라인을 쓴다는 것은, 이 라인을 이용해서 재현이 가능할 것이다라는 것을 의미하기도 합니다.

하지만, 사람은 윤리적인 문제로 "라인"을 만들 수가 없죠. (유대인 라인, 흑인 라인, 백인 라인, 동양인 라인, 한국인 라인 등은 상상만으로도 인종차별주의자가 되기 십상입니다. 다만, 유전학적 스터디에서 이들의 Background는 인종차별이나 우성학과는 별개로 밝혀지기도 합니다.)

그리고, 사람은 문제가 생기면 안되기 때문에, 개체를 대상으로 특정 실험을 수행하기도 아주 어렵습니다. 현재, 여러가지 organ on a chip, iPS, ES Cell 등이 이를 대체할 수 있는 실험이기도 하지만, 여러 제약이 있습니다. 특히 옛날에는 훨씬 더 심했겠죠.

그래서, 1951년도에, 사람 암, 종양을 연구하기 위해서, Johns Hopkins Hospital in Baltimore, Maryland, U.S.에서, George Otto Gey 박사가 Henrietta Lacks라는 흑인 여성의 자궁암 세포를 immortalization 시켜서 암세포주를 세계 최초로 만들게 됩니다. 사람의 세포를 배양해서 사람 혹은 암을 연구하자는 컨셉이었죠.

물론 이 과정에서 동의서를 받지 않아서 문제가 될 소지가 있었지만, 그 당시에는 이런 부분에 대해서 미약했었고, 심지어 당시, 법적으로도 큰 문제가 없었습니다.

그 이후, 실험자의 관찰과 노력으로, 이 암세포는 영구히 암세포주로서 명성을 떨치게 됩니다. HeLa 라는(대소문자 중요) 이름도 환자의 명칭인 Henrietta Lacks에서 유래했죠. https://en.wikipedia.org/wiki/Henrietta_Lacks

실제로 1950년대에 이 HeLa cell line으로 인해서, in vitro culture에 정말 많은 변화가 왔습니다.

당시 "단순히" primary culture로만 실험하던 사람들 눈에는, 대부분의 세포가 그냥 몇 번의 게대 배양(passage)으로 죽어버리는데 반해, 이 세포는 무한히 증식하기에, 어떤 요소가 세포를 immortal하게 만드는지에 대해서 의구심을 갖게 하였고 관련 연구를 이끌었죠.

그리고, 그 세포에 대해서 많은 연구가 진행되면서, 암세포 뿐만 아니라, telomerase 연구, 그리고 심지어, Polio vaccine, Flu, Parkinson씨 병까지 그 세포의 이용은 확장됩니다.

(혹시나 더 많은 것을 알고 싶으신 분은 http://abcnews.go.com/…/immortal-life-henrietta-lack…/story… 이 책을 구입해서 보시면 됩니다. 원서에요. 참고로 전 아무 관계 없습니다.)

개인적으로도 HeLa cell 말고 다른 cancer cell line을 쓴 적이 있는데, 정말 잘 자라더라구요. 조그마한 세포들이 며칠 지나면 plate를 가득 메우는데, 

:) 정말 무한히 증식하더군요.

하지만, 이런 cell line의 발견 이후에, 저 박사님은 관련 세포주를 많은 사람들에게 제공해 줍니다. 추후에는 commercialization 되기도 했죠. 그렇게 퍼져나간지가 벌써 60년이 되었습니다.

그 이후 HeLa cell과는 별개로, 또 다른 랩에서는 다른 종류의 암세포를 이용한 세포주들이 만들어 졌죠. Breast cancer cell line, Lung cancer cell line, Liver cancer cell line 등등 많은 종류의 암세포주가 만들어 졌고, 이를 통한 연구가 진행되었습니다.

과연 이 과정에서, HeLa cell이 다른 세포주와 contamination 되지 않았을까요? 무수히 많은 랩에서 이 세포주를 가지고 실험하는데, 사소한 라벨링 실수 한 번 일어나지 않았을까요? 그리고 그 세포가 진짜 그 세포일까요?

거기에 의문을 품은 사람들이 생각보다 많았습니다.

그 중 하나의 논문을 소개하자면, http://science.sciencemag.org/content/347/6225/938 사이언스에 나온 feature(정식 논문은 아님)인데, 제목도 벌써 멋져요. Line of attack !!! (제목이에요.)

여기서 말하길, Christopher Korch, a geneticist at the University of Colorado, has studied the issue. According to Korch, nearly 5,800 articles in 1,182 journals may have confused HeLa for HEp-2; another 1,336 articles in 271 journals may have mixed up HeLa with INT 407. Together, the 7,000-plus papers have been cited roughly 214,000 times.

즉, 대략 7000개 이상의 논문이 잘못된 세포주를 사용하는 것으로 보인다고 보고하였습니다. 여기서 중요한 것은, 단지 2개의 세포주만을 비교 대상으로 삼았어요. HeLa cell and HEp-2 cell

만약 현재 시판되고 이용되고 있는 400개의 cell line을 합하면 contamination은 훨씬 더 증가하겠죠. 그리고 일부에서는 Human cell line에 Mouse, Pig cell이 contamination되었다는 보고도 있습니다.

특히 최근에는 이런 세포주들의 genetic origin을 상대적으로 값이 싸진 seqeuncing을 통해서 validation하고 있다고 하니깐, 조만간 더 많은 오류들이 보고될 것이라고 예상합니다.

자 그렇다면, 어떤 미래가 펼쳐질까요? 개인적인 생각입니다. 

1. in vitro cell line 실험은 실험 전체의 Main이 되지 못할 것이다.
- 벌써부터 종양을 연구하시는 분들은 그러하지만, 더 이상 Cell line 연구를 통한 실험은 큰 가치를 잃게될 가능성이 큽니다.
- 이는, 실제로 실험을 진행하는 Wet lab 사람 뿐만 아니라, 데이터를 긁어서 쓰는 Bioinformatician에게도 해당하는 사실이 될 것입니다.

2. Cell line을 이용했다면, 어떤 cell line을 이용했는지, 그리고 그 Cell이 적합한 origin을 가졌는지에 대한 Validation 실험이 추가될 것이라고 봅니다.
- 값이 많이 저렴해진, Whole genome sequencing을 통해서, 실험에 이용된 cancer cell line이 제대로된 Cancer cell line인지를 보여주는 데이터를 요구할 가능성이 높을 것이라고 보입니다. 예전에는 가격이 비싸서 못했겠지만, 지금은, 그리고 앞으로는 더 저렴해서, PCR하듯이 데이터를 보여달라고 할 가능성이 높아질 것입니다.
- 그렇게 된다면, Big lab에서 자신들이 가지고 있는 Cell line을 sequencing하고, 이를 근거로, 유망한 cell line만 다시 뽑은 후, 다시금 다른 랩에 기부하거나 공유하게 될 가능성이 큽니다.

3. 최악의 경우에는, Cell line 실험이 가치를 잃어버리고, 더 이상 존재하지 않을 가능성도 배제할 수 없습니다.
- 이런 논의들이 많이 오고가면서, 마치 유행처럼, 이제는 더이상 Cell line은 의미없지모... 하면서 이 실험을 하지 않을 가능성도 있습니다. 가뜩이나, in vitro 실험이 vivo mimicking을 못한다는 단점으로 "in vitro 안 믿어!"라는 판국이기에, 이것이 더 가속화될 수도 있습니다.
-물론 당장 사라지지는 않겠지만, 그 실험의 유의성과 활용도는 분명히 제한될 수 있을 것 같아 보입니다.

자 그럼, 이제 어떻게 해야할까요?

1. 관련 실험을 하시는 분들은, 이제 슬슬 Cancer cell line과의 이별을 준비하시는 것이 좋을 것 같습니다.

- 가급적이면, in vivo 실험으로 대체해낼 방법을 찾거나, Primary culture cell로 실험하는 방법을 찾아야 할 것으로 보입니다.

- Bioinformatician 역시, 어떤 실험 조건의 자료를 크롤링하거나, 모을 때, Cancer cell line이라면, 조금 더 조심히 approach하셔야 할 듯 합니다. 그 cell이 진짜 그 cell이 아닐 수도 있기 때문입니다.

2.꼭 하셔야 겠다면, Validation을 최소한 하시고 실험하시길 바랍니다.

- 자신의 랩이 가지고 있는 Cell을 "clonal expansion(반드시)" 하시고, 그걸 토대로 sequencing하셔서, Cancer cell line의 정당성을 확보하시길 바랍니다. 이 과정에서 특수한 발견을 하실 수도 있지만, 꽝이 된다면, 1번으로 다시 돌아가시면 됩니다.

- 자신의 랩이 sequencing할 여력이 없다면, 다른 랩과 공동으로 sequencing하거나, sequencing해서 정당성이 확보된 세포주를 이용하시길 바랍니다. 이 과정에서 카르텔(?)이 형성될 수도 있습니다. 

문제를 의심하거나, 당연한 것을 당연하지 않다고 생각하면서 도전하는 것. 그것이 바로 과학의 힘이 아닐까 하는 생각을 해 봅니다.

당연히 HeLa cell처럼 보이지만, HeLa cell 이 아니라고 인지하는 순간, 모든 결과가 뒤바뀔 수도 있습니다. 여러분들의 세포주는 100% contamination되지 않았다고 말 할 수 있나요?

https://www.statnews.com/2016/07/21/studies-wrong-cells/?fbclid=IwAR0cDWAXBrUL8huwObZN4DHb5CV9wSDPKQW4XDx6xM_EgVEM_HqYHMV1Qqc

홍길동의 친자 확인 검사~ 민감도와 특이도.

홍길동은, 아버지를 아버지라 부르지 못하고, 형을 형이라 부르지 못하였다고 하였다고 하면서, 서자의 설움을 토로하였죠.

만약 홍길동이 지금처럼 의학과 법률이 발달한 현대 사회로 온다면, 첫번째로, 친자인지 확인 소송을 걸어야 겠고, 그 확인 소송을 통해서 두번째로 유전자 검사를 하여 "친자"인지 확인부터 해야할 것입니다.

그런데 말이죠. 이 친자 확인을 하는 유전자 검사가 부정확하다면, 어떤 문제가 생길까요? 검사를 여러번 해야하는 번거로움과 검사를 믿지 못하는 일이 생길 것입니다.

그리고 의사나 과학자가 어떤 하나의 검사가 "부정확"하다 혹은 "정확"하다는 결정은 어떻게 내릴까요? 여기에 바로, 의학적 통계가 녹아들어가 있습니다.

이 결정에서 가장 중요한 것이 바로 민감도(Sensitivity)와 특이도(Specificity)라는 개념입니다.

민감도는, "있는 것"을 있다고 하는 것입니다. 홍길동 사건으로 보자면, 친자인데 친자라고 결정을 내리는 것입니다. 이게 낮다면, 질병이 있음에도 불구하고 찾아내는 능력이 아주 많이 떨어질 것입니다. 따라서, 친자임에도 친자가 아니라는 잘못된 결론에 이르게 되겠죠.

특이도는 반대로, "없는 것"을 없다고 하는 것입니다. 친자가 아닌 사람을 친자가 아니다 라고 하는 것이죠. 만약 이게 낮다면, 친자가 아님에도 불구하고, 친자라고 잘못된 판단을 내릴 수 있습니다.

이론적으로는 민감도와 특이도가 모두가 높은 검사가 아주 좋은 검사입니다. 당연하겠죠. 있는 것을 있다고 말하고, 없는 것을 없다고 말하기 때문이죠.

하지만, 실제로는, 이런 두가지를 모두 만족하는 검사는 비용이 높기 때문에다양한 의학적 선별 검사(스크리닝 테스트)에서는, 한쪽만 높은 것을 일단 적용하기도 합니다.

예컨대, 어떤 질병 자체를 대규모로 빠른 시일에 검출해서 자세한 추가 진단이 필요한 경우에는 민감도가 높은 검사를 쓰는 게 효율적이겠죠. 일단, 있는 사람을 골라내는 것이 목적이 되니깐요. 반대로, 확실한 결론을 얻어서, 이제 더이상 이사람은 이런 질병이 없다는 결론이 필요한 상황에서는 특이도가 높은 의학적 검사가 필요하게 되겠죠.

사실, 일반인들은 두개가 결국은 같은 것이 아니냐 라고 하는데, 실제로 그렇지 않습니다.

"있는 것을 있다고 말하는 것은 민감도, 없는 것을 없다고 말하는 것은 특이도"

따라서, 홍길동은 민감도와 특이도 중 굳이 하나만 선택해야한다면, 민감도가 높은 유전자 친자 검사를 해야하는데, 실존하는 친자 확인 검사는, 민감도와 특이도가 아주 높아서 오판할 확률이 거의 없습니다.

단, 제대로된 샘플을 가지고 왔을 때의 이야기입니다. 간혹 샘플을 속이는 경우가 있어요.

더 참고하실 분들은, 요기~

https://www.technologynetworks.com/analysis/articles/sensitivity-vs-specificity-318222

https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=isori&id=8682&fbclid=IwAR1hgBPFuk2G4rrrRAh7ldCNkyXKK4WqFi5eHpmrse3b6q4VCLyHxMx4uSQ

한국 최고의 생명과학 커뮤니티인 브릭에서 이런 글이 있었습니다.

"쭉 글들을 읽어보니까 이렇게 결론나더라구요...

1. 의대나오면 연구실적, 연구능력은 생명공학과 출신보다 떨어진다.

2. 그렇지만 교수는 더 쉽게 된다.
정말인가요...?

충격이네요... 정말 헬조선인듯... 실적보다 간판이라니... "

여기에 개인적으로 답변을 달았습니다. 아래는 그에 대한 답변입니다.

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개인적으로 그 "의대"를 나와서 "기초"를 하고, 외국에 나와서 다양한 PhD 선생님들과 함께, 포닥을 하고 있는 MD 중 한 명입니다.

사실상 이제, 기초 의학 분야에서 MD와 Non MD의 경계는 무너졌다고 봅니다. 연구를 잘하는 MD도 있고, 연구를 못하는 non-MD도 있습니다. 그리고, 최근 연구력이 뛰어난 non-MD를 우대하는 의대들도 많습니다.

개인적인 의견이지만, 쉽다는 것은 항상 상대적인 것이고, 단순하게 하나의 잣대로 결정지을 수 있는 성질의 것이 아닙니다. 얼핏 보기에, 저 사람이 연구력이 떨어져 보이고, MD라는 이유로 된 것 같은 사람도 존재하지만, 그 사람이 그 과정에 올라가기 위해서 어떤 노력을 했는지 본인이 아니고서는 폄하할 수 없는 것이 이 바닥인 것 같습니다.

작성자분은 상위 대학에 있는 교수님들만 보시는 것 같은데, 전국에 아주 많은 수의 대학들이 존재하고, 그 안에 자연대가 존재하고, 생명공학과나 생물학과들의 교수님들로 표본을 늘이게 되면, 작성자 기준에서 "연구실적, 연구능력이 의대 출신보다 못하는" 교수님들도 상당수 존재합니다.

기준을 어디에 두느냐에 따라 연구실적이 더 뛰어날 수도 더 뛰어나지 못할 수도 있다는 이야기입니다. 보스톤 동네에 있는 "지방대"인 M대학이나, H 대학 기준에서 본다면, IF 10이상인 논문인 한빛사를 보면서, 실력도 없는 것들이 한국을 빛낸다고 자축한다고 볼 수도 있고(물론 그러지는 않겠죠), 아프리카 어느 대학 기준에서 보면, 아주 잘사는 나라에서 먹고 사는 일에 힘쓰지 않고, 귀족 과학을 한다고 부러워할 수도 있는 것입니다.

이제 알만한 사람들은, MD든 non-MD든 연구력으로 진검 승부 보는 상황이 연출된 것을 알고 있습니다. 이런 글들이 본인의 입지를 더 고립시킬 가능성이 없는지 뒤돌아볼 수 있으면 좋겠네요.

그리고 저 역시도, 그 안에 들기 위해서 포닥 나와서 "non-MD" 교수 밑에서 PhD로서 열심히 일하고 있습니다. 어설프고, 주관적인 글로 상대방 집단을 내린다고 해서, 자신이 올라가지 않습니다. 그리고 억울하다고 부조리하다고 생각하는 사람이 더 늘어나지도 않구요.

개인적으로 MD, PhD 과정을 하면서, 의대 들어오는 것이 제일 쉬운 일 중에 하나였다고 생각할 정도로 진지하게 연구를 대하고 있고, 글쓴이의 지나가는 글로 인해 도매급으로 매도되면 안타까움이 크다고 느낄 정도로 진지하게 연구를 대하고, 고군분투하는 MDPhD 친구들과 선후배들이 주변에 아주 많습니다.

정자와 난자가 만나서 "사람"이 되는 것은 아주 쉬워 보입니다만, 그렇다고 해서 다 "사람"이 되는 것은 아니지요. 그리고 따지고 보면, 정자-난자가 만나는 것도 엄청난 경쟁을 거쳐서 들어온 성공자들입니다. 하지만, 사람들은 그저 "사람"이 된 것만으로 만족하기도 하고, 남들과는 다른 역량으로, 사회를 바꾸는 "사람"도 있고, 반대로, 왜 저런 인생을 사냐면 다른 사람들의 손가락질받고 사는 "사람"들도 있습니다.

http://mdphd.kr/148

http://mdphd.kr/120

http://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=isori&id=8682

세포군(Cell)도 이렇게 중국의 바람에 실려서, 수묵 담채화로 중국 용비어천가(?)를 보내는 것인가요? 여기저기서 중국의 바람이 무섭습니다. 이번 Cell cover는 정말 중국스러운 흑백 표지입니다. 

여기서 끝내면, MDPhD.kr이 아니겠죠.

그래서 덕질 한 번 해서, 찾아보니깐, 이 커버 그림에 아주 심오한 의미가 담겨 있네요.

이번 커버는 중국의 북경대 그룹에서 낸 논문으로 iPS의 생성을 화학물질로 가능함과 기전을 보인 논문입니다. 예전에 한 번 저희 블로그에서 화학물질로 줄기 세포를 만드는 의의에 대해서 포스팅한 적이 있었죠. 궁금하신 분들은 여기 들어가셔서 스스슥 복습해 보세요.

https://www.facebook.com/Mdphd.kr/posts/964434570285513 짧게 결론을 말하면, "화학 물질로 iPS를 만들면, 효율은 떨어지겠지만, 임상적으로 안전하다"가 되겠습니다.

기본적으로, Stem cell 분야에서는 이번 수묵화처럼, 골짜기와 관련된 워딩턴 가설이 있습니다. 세포 분화는 자연 상태에서 비가역적인 하나의 방향으로만 나아갈 뿐이라는 것이 워딩턴(Conrad H. Waddington)의 가설이지요. 즉, "세포는 한 방향으로 내려올 뿐이다(만능->분화)"라는 것을 설명하기 위해서, 골짜기처럼, 위에서 아래로 내려오고는 다시금 위로 올라갈 수 없다는 설명을 곁들인 골짜기 그림이 줄기 세포 분야에서는 한동안의 패러다임이었습니다. 물리에서는 이와 비슷한 낙하 사고 실험이 있지요. 궁금하시면, 여기 들어가서 또 한번 스스슥 복습해 보세요

 http://dev.biologists.org/content/140/12/2457

물론, 이를 깬 인간들이 바로, 핵 치환을 통해서, 다시금 개체로서 초기화가 가능하다는 것을 보인 가일(?)을 닮은 거든 경과 포유류에서 복제양 "돌리"라는 가능성을 제시하고, 말년에 X 밟아서, 안드로메다로 간, 이언 월머트(실제는 공동 연구자인 켐벨이 대부분의 모든 걸 했다죠..) 그리고, 체세포라는 녀석에게 라면에 계락 탁, 파송송 집어넣듯이 DNA를 넣어서 짜쟌~ 하면서 초기화 시킨 야마나카 박사가 있죠. 이것 역시 궁금하시면, 저희 블로그 예전 글로 스스슥 복습을 한 번 더~ 야마나카 http://mdphd.kr/32 존 거든 http://mdphd.kr/37 오늘 복습이 좀 많죠 헤헤헤 

사실상, 야마나카의 iPS는 이런 골짜기 이론에서 마치 스키장의 "리트트 신공"을 발휘하는 것과 같이, 골짜기를 내려오더라도, "리프트나 케이블카 타면 다시 꼭대기로 올라갈 수 있지롱~" 을 보여준 하나의 예가 되었고, 그 이후에 워딩턴 가설은 폐지가 되었습니다. 정확히는 폐지가 되었다기보다는, 수정- 보완이 되었다는 말이 맞겠죠. 마구 잡이로 방향 설정이 가능한 모델로... 여전히 자연 상태에서는 한 방향으로 분화하는 것이 대부분이니깐 워딩턴 아저씨의 이야기는 엄밀히 따지면 틀린 이야기는 아니에요.(물론, 아닌 경우도 있어요:))

여하튼, 이 산, 골짜기 이런 게 줄기 세포에 등장하니깐, 사람들이 알프스 같은 스위스나 유럽 이런 산을 생각하는데(전 그랬습니다만...쿨럭...), 중국 사람들은 산, 골짜기 이런 거 하면 뭐 생각하겠어요. 제가 중국인이라면, 아마도 무협지에 나오는 산을 생각할 거 같네요. http://wikitree.co.kr/main/news_view.php?id=96174 (요런 산들)

그래서, 아래와 같은 Cell cover와 같은 무협지 그림이 등장했어요. 그림을 조금 설명하자면, 각각의 산 꼭대기가, 각기 다른 세포 상태를 의미해요. 예컨대, 한 꼭대기는 분화가 거의 완료된 somatic 상황(제일 아래에 있는 꼭대기겠죠),또 한 꼭대기는 중간 단계라고 볼 수 있는, XEN(extraembryonic endoderm)-like state(중간 꼭대기), 그리고 나머지 한 꼭대기는 pluripotent cell states(어스름한 안개가 낀 제일 높은 꼭대기) 이렇게 세 개의 꼭대기를 의미하고 있어요.

그리고, 각각의 산을 연결하는 다리는 이 연구자들이 궁극적으로 도전하고 있는 Chemical Induced Pluripotent Stem Cell의 Inducing chemical 혹은 small molecule들이구요. 그리고, 저기 여유를 즐기면서 노를 젓고 가는 저 그룹은 Transgenic approach를 의미한다고 해요. 오~ 꿈보다 해몽~~ ㅎㅎ 하나 핵심은, 저 배가 가고 있는 방향이 위로 올라간다는 것이에요. 그림에 담긴 의미를 이해한다면, 위로 올라가야지 맞는 것이겠죠. 제 눈에만 그렇게 보이나요? 

동양적인 절제와 여백의 미가 담긴, 수묵담채화를 통해서, 메이저 저널에 이런 커버를 싣는다는 것 자체가 아주 멋진 것 같아요. 저는 언제쯤... ㅎㅎㅎ 커버가 아니더라도, 셀에 한 번 논문을 내어 보기나 해 봤으면 좋겠어요 ㅎㅎㅎ 모든 생명 과학자, 의과학자들의 꿈이 아니겠어요? 

Impact factor라는 수치보다, 인류 역사에 과학 지식으로 새겨진다는 그런 의미로 말이에요. 여담이지만, 만약 지구가 멸망하면, 나사가 주요 인간들을 Cell, Nature, Science 요거 몇 권을 들고, 우주로 튄다는 이야기가 있던데. ㅎㅎ 앞 표지만 보고 뽑는다면, 이번 권은 동양 문화를 포함하고 있어서 아마 포함될지도 ㅎㅎㅎ

추신 1) 그림을 자세히 보시면, 분명히 저 기러기들도 무언가 의미가 있을 것 같은데, 따로 의미를 풀어놓지는 않는 것처럼 보이네요. 도대체 뭘까요?

추신 2) 어스름 들어 있는 안개가, 우리가 아직 모르고 있는 미지의 세계를 형상화한 것 같아서, 또 한 번 생명의 신비를 느낍니다. 갑자기 스티븐 킹의 소설, 그리고 영화 Mist가 또 한 번 보고 싶네요.